home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ SGI Developer Toolbox 6.1 / SGI Developer Toolbox 6.1 - Disc 4.iso / public / SciAn / technotes / Gaussian_90_File_Reader < prev    next >
Text File  |  1994-08-01  |  3KB  |  62 lines
  1. Gaussian 90 File Reader
  2. John R. Murray
  3. April 22, 1993
  4.  
  5. Summary: File reader for Gaussian 90 density files
  6.  
  7. Note: from briefly perusing the documentation for G92, I believe this file
  8. reader will also read electrostatic potential files, which are the same
  9. format as density files.
  10.  
  11. The "Gaussian 90" file reader is somewhat misnamed, as it was only written
  12. to read density grids (as produced by the DENSITY keyword, I believe) and
  13. not density+gradient or density+gradient+divergence grids, or other g90
  14. files. (note: it should be able to read any g90 files which have the same
  15. format as density files, i.e. begin with the same format of grid definition
  16. and atom data, followed by exactly N1*N2*N3 data points (1 scalar value per
  17. grid point)) Also, I don't think I ever got handling of arbitrarily skewed
  18. grids working properly - if things seem to be off position, try a grid with
  19. orthogonal axes aligned with the x, y and z grids - for example for a
  20. 20x20x20 grid with origin at 0,0,0 the first four lines could look like:
  21.  
  22. NAtoms 0 0 0
  23. 20 .02 0 0
  24. 20 0 .03 0
  25. 20 0 0 .04
  26. <followed by the list of atoms>
  27.  
  28. where '.02', '.03' and '.04' are some increments I pulled out of a hat.
  29. (the important thing is that 2 of the 3 step sizes be zero)
  30.  
  31. If you name G90 files 'foo.g90' the format will be pre-set to G90 for you.
  32. timebased density grids currently must be put in different files, named
  33. something like 'foo@23.g90'
  34.  
  35. Once a G90 file is read in, several data objects are created - one 3d scalar
  36. dataset corresponding to the density data, and a geometry dataset containing
  37. spheres representing the atoms. For a file called foo.g90, if another
  38. file called foo.g90.bond exists, SciAn will attempt to read it for a list
  39. of bonds between atoms, which will appear as another geometry dataset
  40. containing cylinders representing the bonds. The format of this file is just
  41. pairs of atom numbers between which you wish a bond cylinder to appear.
  42. Atoms are implicitly numbered by the order in which they appear in the grid
  43. file, so if, for example, the first six atoms listed in the grid file are
  44. 6 carbons in a ring, the first six lines of the .bond file might be:
  45.  
  46. 1 2
  47. 2 3
  48. 3 4
  49. 4 5
  50. 5 6
  51. 6 1
  52.  
  53. Yes, the G90 file reader is a very limited and messy beast. It was written
  54. on the spot at the request of a single local scientist, who has since left
  55. SCRI. Other local people have begun to use it (and therefore to ask me for
  56. fixes/improvements) and a more robust version of a G90/G92 reader is in
  57. the works. If you have suggestions for improvement or would like to see
  58. particular Gaussian file formats included in the reader, please send mail.
  59.  
  60. John R. Murray
  61.  
  62.